BioProtIS: otimizando o pipeline de interação proteína-ligante para análise na exploração genômica e transcriplômica

Autores: Graziela Sória Virgens, Júlia Oliveira, Maria Izadora Oliveira Cardoso, João Alfredo Teodoro, Danilo Trabuco do Amaral

Instituição: Centro de Ciências Naturais e Humanas, Universidade Federal do ABC (UFABC), Santo André, São Paulo, Brasil.

Referência: Virgens GS, Oliveira J, Cardoso MIO, Teodoro JA, Amaral DT. BioProtIS: Streamlining protein-ligand interaction pipeline for analysis in genomic and transcriptomic exploration. J Mol Graph Model. 2024 May;128:108721. doi: 10.1016/j.jmgm.2024.108721. Epub 2024 Jan 30. PMID: 38308972.

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Palavras-chave: Triagem virtual inversa, interações proteína-ligante, exploração genômica, descobertas de bioprodutos, integração bioinformática.

Resumo: A identificação de interações proteína-ligante é essencial para elucidar processos biológicos e descobrir bioprodutos. Apresentamos o BioProtIS, um pipeline inovador de triagem virtual invertida (IVS) que integra dinâmica molecular e encaixe para automatizar a análise de interações em escala genômica e transcriptômica. Utilizando ferramentas como Modeller, AlphaFold e AutoDock Vina, o BioProtIS melhora a precisão das interações ligante-proteína e permite avaliações simultâneas de substratos, com flexibilidade para personalizações no código-fonte. Disponível gratuitamente em: https://github.com/BBMDO/BioProtIS.